Début 1960, Mgr Korec tombe dans les mailles de la STB. Le 21 mai 1960, il est condamné à Bratislava, pour motif de « subversion » et exercice illégal du ministère, à 12 ans de prison - pour avoir aidé des séminaristes dans leurs études, les avoir ordonné et être resté fidèle au Saint-Père. En juillet de la même année, il se retrouve à Valdice, en Bohême du Nord, avec environ 200 prêtres et 6 évêques. Ce qui ne signifie pas pour lui la fin de l'Eglise clandestine. En février 1968, il est libéré, grâce à des interventions de l'étranger. Le Printemps de Prague s'annonce … et à cette époque, tout se met à revivre. On autorise tous les évêques survivants à retourner dans leurs diocèses, mais les relations avec l'Eglise restent mauvaises. En mai 1968, les laïcs, les prêtres et les évêques se réunissent à Velehrad en Moravie. Mgr Korec concélèbre la messe avec 13 autres évêques dans la basilique mariale, sa première célébration publique comme évêque, et même comme prêtre ! Août 1968 n'était pas loin. Mgr Korec n'a pas été autorisé à célébrer dans une église paroissiale. Il a dû continuer à travailler comme ouvrier. Enfin, il fut complètement réhabilité et se rendit à Rome à l'occasion du pèlerinage commémoratif des onze cents ans de la mort de Saint Cyrille.
En juillet 1969, il a été reçu en audience par le pape Paul VI, qui lui a remis la croix pectorale et d'autres insignes qui lui appartenaient en tant qu'évêque de Milan, son anneau et sa mitre. C'était une reconnaissance formidable de l'accord de Paul VI avec l'Eglise de Tchécoslovaquie, au moment où la persécution recommençait…il reprend son ministère clandestin. Interdit de tout ministère, il reprend dès 1970 un travail d'ouvrier comme réparateur d'ascenseurs à Bratislava, et le reste jusqu'à sa retraite en 1984.
La longue période de la persécution a soudain pris fin en novembre 1989. Le 15 février 1990, Mgr Korec est à Rome. Le Pape l'invite ce jour-là à déjeuner. Les deux hommes se connaissent et s'apprécient depuis longtemps. Un peu plus d'un an après, Mgr Korec est élevé à la dignité cardinalice. Voici donc Mgr Korec évêque résident et cardinal de Nitra, son siège épiscopal, est une butte avancée au-dessus du coude d'une large rivière, là, où les grandes plaines d'Europe centrale épousent les premières montagnes des Carpates. On comprend pourquoi le prince Pribina en faisait le siège du premier empire slave de la région au temps de Charlemagne. Et comme les premiers missionnaires francs arrivaient, la ville de Nitra était aussi le berceau du christianisme slave.
Mgr Korec n'est pas seulement une figure exemplaire de la résistance chrétienne à l'oppression athée et totalitaire. Il est aussi l'un des principaux artisans du renouveau spirituel de l'ex-Tchécoslovaquie. Dans ses œuvres il se reflète comme théologien, philosophe, historien, éthique et sociologue. Son activité dans le domaine des écrits religieux clandestins en ont fait un des maîtres à penser de la jeunesse catholique du pays.
