Au cœur du différend actuel entre la Slovaquie et la Commission européenne se trouve la modification de la Constitution slovaque qui, à compter du 1er novembre 2025, reconnaît explicitement uniquement le sexe biologique homme et femme, garantit l'égalité salariale et établit la souveraineté de la Slovaquie en matière de valeurs, de culture et d'éthique. Le Premier ministre slovaque, Robert Fico, a souligné qu'il s'agit d'une question purement nationale et d'une expression de l'identité nationale, faisant référence aux traités fondamentaux de l'UE qui, selon lui, permettent aux États membres de privilégier le droit national sur le droit de l'Union.
La Commission européenne considère toutefois certaines dispositions de la Constitution comme contestables et a engagé une procédure d'infraction à l'encontre de la Slovaquie, exigeant des explications ou modifications. Si la Slovaquie ne fournit pas de réponse satisfaisante ou ne procède à aucune modification, la Commission pourrait émettre un avis motivé et, en cas d'échec, saisir la Cour de justice de l'UE. Le non-respect d'une éventuelle décision pourrait entraîner des sanctions et nuire à la réputation de la Slovaquie au sein de l'UE. Cependant, selon l'analyste Martin Vokálek, il est dans l'intérêt de la Commission de résoudre ce différend par le dialogue et la plupart de ces litiges se règlent à l'amiable avant toute action en justice.
Le parti d'opposition SaS accuse le gouvernement de violer délibérément le principe de la primauté du droit européen en modifiant la Constitution, exposant ainsi la Slovaquie à de graves litiges juridiques et à des conséquences financières et politiques. Il affirme que cette modification permet à la Slovaquie de s'affranchir du droit européen et soulève la question de son appartenance à l'espace juridique européen. Le SaS a déposé sa propre proposition d'amendement constitutionnel qui consacrerait clairement la primauté du droit européen et l'appartenance de la Slovaquie à l'UE et à l'OTAN, évitant ainsi de futurs différends similaires.
Le Président Peter Pellegrini s'est dit convaincu que le gouvernement serait en mesure de défendre la réforme constitutionnelle devant la Commission européenne sans porter atteinte aux intérêts nationaux slovaques ni solliciter de fonds européens. Il a par ailleurs souligné que la Slovaquie demeurait un membre stable et responsable de l'UE, pleinement en droit d'affirmer ses propres positions. Outre les questions de valeurs, la Slovaquie figurait également dans le paquet de procédures juridiques de la Commission européenne de novembre, relatif à l'environnement, et plus précisément à la réduction insuffisante de ses émissions d'ammoniac.
L'ensemble de la procédure d'infraction pourrait durer plusieurs années et son issue dépendra de la capacité de la Slovaquie à défendre ses positions dans le cadre des règles européennes et de la volonté des deux parties d'engager un dialogue constructif. Ce différend est donc non seulement d'ordre juridique, mais aussi politique et axiologique, et mettra à l'épreuve les relations entre la Slovaquie et l'UE en matière de souveraineté, de principes juridiques et de valeurs communes.
