L'avion emmenant le Pape François depuis Budapest s'est posé à l'aéroport de Bratislava à 15h34. Le Saint Père a été accueilli sur le tarmac par la Présidente de la République Zuzana Čaputová, accompagnée par Mária Patakyová, défenseur public des droits de la République slovaque, Herta Vyšná, une survivante de l'holocauste, Mária Jasenková, directrice de l'association des citoyens « Plamienok » (Petite flamme) qui se voue au développement des soins paliatifs à domicile auprès des enfants malades et en fin de vie et František Mikloško, représentant des dissidents catholiques slovaques jouant un grand rôle avant 1989.
A la réception du Saint Père à l'aéroport étaient présents aussi les représentants de l'Etat : Président du Conseil national de la République slovaque Boris Kollár, le Premier ministre Eduard Heger, Ministre des affaires étrangères et europèennes Ivan Korčok, directeur de la Chancellerie présidentielle Metod Špaček, Ambassadeur de Slovaquie auprès du Saint Siège Marek Lisánsky et le Maire de la ville de Bratislava Matúš Vallo. Deux enfants vêtus de costume national l'ont accueilli selon une coutume slovaque, avec du pain et du sel et lui ont remis un bouquet de fleurs très original, composé de fleurs des champs et des herbes, fleurs qui sont originelles sur notre territoire.
Après son arrivée à la Nonciature apostolique de Bratislava, le Pape François a rencontré le Conseil oecuménique de Slovaquie. C'est à son président Ivan Eľko, évêque général de l'Eglise protestante de la confession d'Augsbourg qu'est revenu le soin de prononcer le discours de bienvenue. Après cet assez long discours de bienvenue, c'était le Saint Père qui a pris la parole. Il a remercié les représentants des Eglises slovaques d'avoir accepté de le rencontrer. Après les discours, tous les participants sont entrés dans une prière commune. A l'issue de la rencontre, l'évêque Eľko a remis au pape le cadeau offert par le Conseil oecuménique, une peinture représentante l'histoire de la réforme qui montre la naissance de l'Eglise universelle et une partie de l'histoire chrétienne des vieux slaves.
La fin de la journée a été marquée par une rencontre privée avec les jésuites, communauté dont le Pape François est issu.