Selon les spécialistes du domaine de la vaccination, la Slovaquie s'est rangée ces dernières années parmi les pays qui enregistrent des déficits quant aux vaccinations de la population. Il s'agit de régions présentant le taux le plus bas qu'ailleurs de vaccinations nécessaires en Slovaquie. La plus marquante se révèle la région de Bratislava. Ces carences peuvent constituer une porte d'entrée pour le retour des maladies qui ne sont plus présentes en Slovaquie depuis de longues années. C'est avant tout la rougeole, les oreillons et la rubéole. Hormis ces maladies, un risque constitue aussi la tuberculose. Contre cette maladie la vaccination a cessé en 2012, car la Slovaquie répondait aux critères européens et la morbidité ayant baissé au-dessous de 10 cas pour 100 000 personnes.
L'un des facteurs de la baisse de la vaccination est le refus des parents de faire vacciner leurs enfants par crainte d'effets négatifs. En 2015, 623 cas de refus de vaccination obligatoire ont été enregistrés. Les vaccinations partielles, seulement contre quelques maladies ont été enregistré dans 1131 cas. Hormis la rougeole, les oreillons et la rubéole, les parents refusent la vaccination en une seule dose qui vise aussi la diphtérie, la tétanos, la coqueluche, la poliomyélite, l'hépatite, et les infections hémophiliques.
